Thất bại của TP HCM nhen lên hy vọng lách qua khe cửa hẹp để vào bán kết đối với HAGL, bởi nếu giành thắng lợi với tỷ số cách biệt hai bàn trong cuộc đối đầu với CLB Hà Nội, đội bóng trẻ phố Núi sẽ đoạt vé bước tiếp. Tuy nhiên, không những không thể chọc thủng lưới đội bạn, HAGL còn nhận bàn thua ở phút bù giờ thứ tư của trận đấu, đành chấp nhận nhường quyền vào bán kết cho CLB Hà Nội - đội bóng thể hiện những nỗ lực vượt bậc kể từ đầu giải.
Tại nhóm B, do hai suất vào bán kết đã sớm thuộc về SLNA và Khánh Hòa nên tâm điểm ở lượt trận cuối chỉ là cuộc đọ sức trực tiếp giữa hai đội bóng này để xác định vị trí dẫn đầu. Kết quả, thắng lợi đã thuộc về SLNA nhờ pha lập công duy nhất của Phúc Tịnh ở phút 28.
Với kết quả này, SLNA sẽ gặp CLB Hà Nội ở bán kết trong khi Khánh Hòa sẽ đọ tài cao thấp với Hà Nội T&T để tranh vé vào chung kết.
Hai trận đấu bán kết sẽ diễn ra vào ngày 2/4 tới.
Lịch đấu U19 quốc gia Cup Tôn Hoa Sen 2013
Nhóm A: Khánh Hoà, SLNA, Đồng Tháp, Đà Nẵng
Nhóm B: HAGL, Hà Nội T&T, CLB Hà Nội, TP HCM
Ngày 27/3, sân Pleiku
15h30 TP HCM - HAGL 2-1
17h30 Hà Nội T&T - CLB Hà Nội 3-0
Sân Kon Tum
15h30 Khánh Hoà - Đồng Tháp 2-0
17h30 SLNA - Đà Nẵng 2-1
29/3, sân Pleiku
15h30 CLB Hà Nội - TP HCM 4-3
17h30 HAGL - Hà Nội T&T 0-2
Sân Kon Tum
15h30 Đà Nẵng - Khánh Hoà 2-3
17h30 Đồng Tháp - SLNA 3-4
31/3, sân Pleiku
15h30 TP HCM - Hà Nội T&T 1-2
17h30 HAGL - CLB Hà Nội 0-1
Sân Kon Tum
15h30 Đồng Tháp - Đà Nẵng 2-4
17h30 SLNA - Khánh Hoà 1-0
2/4, sân Kon Tum
15h30 Bán kết 1: SLNA - CLB Hà Nội
Sân Pleiku
15h30 Bán kết 2: Hà Nội T&T - Khánh Hòa
4/4, sân Kon Tum
15h30 Chung kết: Thắng BK1 - Thắng BK2
17h30 Lễ trao giải
Ngọc Thế